1995`te Türkiye`ye dönüp Nesin Vakfı`nın yöneticisi oldu. 1996`da İstanbul Bilgi Üniversitesi`nde Matematik Bölümü`nü kurdu ve 2011`e kadar Bölüm Başkanlığı görevini yürüttü. 2003-2013 arasında Matematik Dünyası dergisinin sorumluluğunu üstlendi. 2007`de Matematik Köyü`nü kurdu. 40`a yakın bilimsel makalenin yanısıra, biri İngilizce olmak üzere popüler, yarı akademik ve akademik düzeyde 20 dolayında matematik kitabı yazdı. Halen İstanbul Bilgi Üniversitesi Matematik Bölümü`nde öğretim üyesidir.

2015 yılında eğitim alanında verilen 14. Vehbi Koç Ödülü`ne; Türkiye`de matematik eğitiminin kalıplarını kıran ve yayınları, araştırmaları, özellikle de Nesin Matematik Köyü projesiyle yaratıcı eğitim alanında istisnai bir başarı yakalayan Prof. Dr. Ali Nesin ve Nesin Matematik Köyü Projesi layık görüldü.

2018 yılında Uluslararası Matematikçiler Birliği tarafından Fields Madalyası`yla beraber verilen ve Matematik Biliminin Nobel`i kabul edilen Leelavati Ödülü`ne; matematiğe yönelik toplumsal farkındalığın artmasına katkıları ve matematiğin keşfi, eğitimi ve araştırması için olağanüstü bir yer olarak tanımlanan, kurucusu olduğu Nesin Matematik Köyü sebebiyle layık görüldü.